samtools inxstats快速查看回贴后的reads数分布


如果想要快速的简单统计mapping后的reads数,可以直接看bam

samtools indstats input.bam

返回如下数据,其中第一列是chr信息,第二列是chr length,第三列是mapped reads count,第四列是unmapped reads count

最后一行星号,如果mapping的时候reference有其他位置,那么这里也会有reads

image-20201113203103801