星期五, 十一月 13日 2020, 11:12 上午

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如果想要快速的简单统计mapping后的reads数,可以直接看bam

samtools indstats input.bam

返回如下数据,其中第一列是chr信息,第二列是chr length,第三列是mapped reads count,第四列是unmapped reads count

最后一行星号,如果mapping的时候reference有其他位置,那么这里也会有reads

  • image-20201113203103801


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