bioinfo-deeptools-install
官方文档https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/index.html
https://www.jianshu.com/p/b494426ecd32
Install:
conda install -c bioconda deeptools
# or
pip install deepTools
information
介绍
deeptools是基于Python开发的一套工具,用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等高通量数据。工具分为四个模块:
BAM和bigWig文件处理
质量控制
热图和其他描述性作图
其他
当然也可以简单分为两个部分:数据处理和可视化。
对于deeptools里的任意子命令,都支持--help看帮助文档,--numberOfProcessors/-p设置多核处理,--region/-r CHR:START:END处理部分区域。还有一些过滤用参数部分子命令可用,如ignoreDuplicates,minMappingQuality,samFlagInclud