向GEO数据库上传高通量测序数据

2023-11-12 update

注册一个NCBI的账号登录这个界面GEO submission

进入My GEO Submissions

这个地方选择New submission(如果是给之前的GSE进行补充和更新，也是要选这个地方！) 接下来

这个相当于是一个操作说明选择高通量测序数据

然后点进去

也是一个具体的操作说明

接下来进入transfer files界面，会指示你如何上传文件，建议使用FileZilla pro，可以并行10个任务，协议ftp sftp均可以，推荐sftp+filezilla

示例Linux / Unix会话
使用“ ncftp”

ncftp
set passive on
set so-bufsize 33554432
open ftp://geoftp:rebUzyi1@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
cd uploads/meng_howard_4bM1MaMu
put -R Folder_with_submission_files
使用'lftp'

lftp ftp://geoftp:rebUzyi1@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
cd uploads/meng_howard_4bM1MaMu
mirror -R Folder_with_submission_files
使用“ sftp”（由于此方法会实时加密，因此会降低传输速度）

sftp geoftp@sftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
password: rebUzyi1
cd uploads/meng_howard_4bM1MaMu
mkdir new_geo_submission
cd new_geo_submission
put file_name
使用“ ncftpput”（从命令行传输而不输入交互式shell）
用法示例：

ncftpput -F -R -z -u geoftp -p "rebUzyi1" ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov ./uploads/meng_howard_4bM1MaMu ./local_dir_path
local_dir_path：您要转移到个性化上传空间的本地提交目录的路径

-F使用被动（PASV）数据连接
-z用于在文件上传中断时恢复上传
-R递归上传整个目录/树

上传完毕之后准备好Metadata spreadsheet，也上传到这个位置

接下来就可以点击这个了

然后会收到一个邮件

然后等着工作人员给你通知就可以了